@81909 さん、こんにちは!
Dropboxでは、アカウントに保管されているファイルを削除すると、連動してその他のファイルデータも一緒に削除されることはありません。
しかし、複数のデバイスから同一のアカウントにログインしている場合、アカウントのファイルを削除すると全てのデバイスから同時にそのファイルが削除されます。
そのため、複数のデバイスで、それぞれ保管が必要なファイルデータが異なる場合、複数のアカウントを作成して、それぞれ違うアカウントにログインしてご利用してみてください。