@yuz1 さん、こんにちは!
Dropboxデスクトップアプリケーションは、ユーザーの Dropbox フォルダを監視し、そのフォルダに保存されたファイルを同期するようになっています。Dropbox フォルダは同期する機能を除き、ハードドライブに保存する他のフォルダとほぼ同じです。
パソコンを初期化された際にDropboxのアプリが「ファイルの削除」と認識し、その削除操作を同期した可能性があります。パソコンを初期化される場合はデスクトップアプリをアンインストールしてから実行されることを推奨します。
バージョン履歴の保存期間であれば、削除されたファイルを復元出来ます。アカウントを特定の日時までロールバックされたい場合は、巻き戻し機能をご利用ください。